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使用PCR儀進行基因擴增的實驗方法

更新時間:2023-09-12點擊次數:1259

實驗室常用 DNA 聚合酶有三種:TaqTM , EXTaqTM  和  Pyrobest TM DNA Polymerase。TaqTM 是一般的 DNA 聚合酶, 保真性較差 , 但價錢便宜, 一般用于基因表達的檢測等。TaKaRa EXTaqTM 是具有 Proofreading  活性的耐熱性 DNA 聚合酶, 具有一定的保真性, 而且其擴增得到的 PCR 產物 3 ’ 端附有一個 “A" 堿基 ,如果希望直接將產物克隆 到 T-vector 可以用此酶 。 Pyrobest TM DNA Polymerase 也是具有 Proofreading 活性的耐熱性 DNA 聚合酶, 其特點是保真性高,擴增得到的 PCR 產物為平滑末端。如果進行基因的擴增請使用此酶。


1.   按下列組成在 PCR 反應管中調制反應液:


TaKaRa TaqTM  TaKaRa EXTaqTM 的配方

 

Reagent

Quantity, for 50µl of reaction mixture

10X PCR buffer Mg2+  free

5 µ l

 

MgCl225mM

 TaKaRa TaqTM  3 µl

 TaKaRa EXTaqTM  4 µl

2.5mM dNTP mix

4 µ l

10µM Primer  上游

1 µ l

10µM Primer 下游

1 µ l

Template DNA

1 µ l

Taq  EXTaqDNA Polymerase

0.25 µl

Sterile deionized water

Up to 50µl

Total

50 µl /Sample

merase 的配方

 

Reagent

Quantity, for 50µl of reaction mixture

10X Pyrobest buffer

 l

2.5mM dNTP mix

 l

10µM Primer 上游

 l

10µM Primer  下游

 l

Template DNA

 l

Pyrobest TM DNA Polymerase

0.25µl

Sterile deionized water

Up to 50µl

Total

50µl /Sample

 



① 反應總體積根據實際情況進行調控,可以做 20~50µl 以節約試劑;

② 將上表各成分加入到 0.2ml 或 0.5ml 滅菌的 PCR 薄壁管中;


③ 如果不用 PCR 儀的加熱蓋,在反應混合液的上層加 30 ~50µl  的礦物油防止樣品在 PCR 的過程中蒸發;


2.   按以下程序進行 PCR 擴增。

PCR 反應條件視模板、引物等的結構條件不同而各異, 在實際操作中需根據具體的情況以及 PCR 結果而進行優化。

 

 

Step

Temperature,

° C

 

Time, min

Number of

cycles

Note

起始變

 

94~95

 

1-3

 

1


變性

94~95

0.5-2

 

 

 

 

25-35

退火溫度比理論退火 溫度大概低 C ,再

根據反應結果優化

 

退火

 

37-70

 

0.5-2

 

延伸

 

70-75

根據擴 增產物

的大小

每分鐘延伸 1000bp

最終延

 

70-75

 

10

 

1


 




反應結束后,抽取擴增樣品 5µl,用瓊脂糖凝膠電泳分析擴增結果,用 DNA marker 判斷擴增片段的大小或冷凍保存,以備以后分析使用。

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